- Pengundangan narasumber yang diduga terkait jaringan Zionisme Internasional dalam kegiatan Akademi Kepemimpinan Nasional NU (AKN NU), yang dinilai bertentangan dengan ajaran Ahlussunnah wal Jamaah An-Nahdliyah.
- Pelaksanaan AKN NU di tengah agresi Israel, yang dinilai memenuhi unsur pelanggaran Pasal 8 huruf a Peraturan Perkumpulan NU Nomor 13 Tahun 2025 karena dianggap mencemarkan nama baik organisasi.
- Indikasi pelanggaran tata kelola keuangan PBNU, yang disebut bertentangan dengan hukum syariat, peraturan perundang-undangan, serta ketentuan Pasal 97-99 ART NU.
Atas dasar itu, Rapat Harian Syuriyah disebut menyerahkan keputusan akhir kepada Rais Aam dan dua Wakil Rais Aam. Hasil musyawarah ketiganya dalam risalah tersebut memutuskan agar Gus Yahya mengundurkan diri dalam waktu tiga hari, dan jika tidak, maka dapat diberhentikan.
Namun, Gus Yahya sebelumnya meragukan keabsahan risalah tersebut dan menegaskan bahwa dirinya mendapat mandat lima tahun dari Muktamar.
Dengan keputusan terbaru dari Rapat Alim Ulama PBNU, polemik internal tersebut dipastikan tidak berujung pada pemakzulan maupun pengunduran diri Ketua Umum PBNU.
